Yogyakarta sebagai pusat pelayanan kesehatan di Jawa Tengah bagian selatan memiliki ribuan fasilitas kesehatan, mulai dari rumah sakit besar hingga praktik mandiri dokter dan bidan yang tersebar di wilayah perkotaan hingga pelosok desa. Banyaknya fasilitas kecil dan layanan kesehatan di rumah (home care) menimbulkan tantangan baru dalam pengelolaan limbah yang bersifat infeksius. HAKLI Jogja menyadari bahwa sisa kegiatan medis yang tidak terkelola dengan baik dapat menjadi sumber pencemaran lingkungan dan penularan penyakit bagi masyarakat umum. Oleh karena itu, program manajemen sampah medis mandiri digalakkan untuk memberikan panduan teknis bagi fasilitas kesehatan skala kecil. Melalui edukasi keamanan lingkungan HAKLI Jogja, diharapkan setiap penghasil limbah medis memiliki standar operasional yang benar untuk melindungi ekosistem Yogyakarta yang padat penduduk.
Pelaksanaan manajemen sampah medis mandiri dimulai dengan pemahaman tentang kategorisasi limbah berdasarkan tingkat risikonya. Edukasi keamanan lingkungan HAKLI Jogja menekankan bahwa limbah medis seperti jarum suntik, kapas bekas darah, dan masker bekas tidak boleh dicampur dengan sampah domestik umum. Bagi praktik mandiri, sanitarian mengajarkan penggunaan wadah khusus yang tahan tusuk (safety box) untuk benda tajam dan plastik kuning untuk limbah infeksius. Pemisahan sejak dari sumber adalah langkah paling krusial untuk mencegah kecelakaan kerja bagi petugas kebersihan kota yang mungkin terpapar secara tidak sengaja saat melakukan pengangkutan sampah rutin di jalur pemukiman warga Yogyakarta.
Aspek kedua dalam manajemen sampah medis mandiri adalah tata cara penyimpanan sementara sebelum limbah diangkut oleh pihak ketiga yang berizin. Edukasi keamanan lingkungan HAKLI Jogja memberikan pedoman mengenai lokasi penyimpanan yang harus kedap air, memiliki sirkulasi udara yang baik, dan tidak dapat diakses oleh binatang seperti kucing atau tikus. Mengingat keterbatasan lahan di Yogyakarta, sanitarian memberikan solusi kreatif bagi praktik mandiri untuk tetap bisa memenuhi standar teknis penyimpanan tanpa harus membangun ruangan besar. Kepatuhan terhadap masa simpan limbah juga sangat ditekankan agar tidak terjadi pembusukan limbah organik medis yang dapat menimbulkan bau menyengat dan menjadi sumber kuman di lingkungan sekitarnya.